Тофацитиниб применяется в терапии некоторых хронических воспалительных и аутоиммунных заболеваний, в частности ревматоидного и псориатического артрита, а также неспецифического язвенного колита. Целью терапии является снижение активности воспалительного процесса, уменьшение боли, отека и других проявлений заболевания.