Руксолітиніб є селективним інгібітором янус-кіназ (JAK) JAK1 і JAK2 (значення IC50 для ферментів JAK1 і JAK2 відповідно становлять 3,3 нмоль і 2,8 нмоль). Ці ферменти є посередниками в передачі сигналів ряду цитокінів і факторів росту, що є важливими для кровотворення та імунної системи.