Антибіотик широкого спектра дії, є напівсинтетичним похідним рифаміцину SV. Незворотно зв'язує бета-субодиниці ферменту бактерій, ДНК-залежної РНК-полімерази і, відповідно, інгібує синтез РНК і білків бактерій. В результаті незворотного зв'язування з ферментом, рифаксимін проявляє бактерицидні властивості щодо чутливих бактерій.