Тофацитиніб застосовується у терапії деяких хронічних запальних та аутоімунних захворювань, зокрема ревматоїдного та псоріатичного артриту, а також неспецифічного виразкового коліту. Метою терапії є зниження активності запального процесу, зменшення болю, набряку та інших проявів захворювання.